随着人类对自然界中生长的各类生物种类的认识不断深入，瑞典人林奈（Linnae，1753）首先建立了生物分类学。最初将灵芝划分在植物界（Plant, Regnum Vegetabile）中；但经过对真菌类的深入研究，发现它与动物、植物及细菌等生物不仅有许多相同的特征，而且有着明显的差异，因而将它由植物界中分出来，与地衣等合称为菌物界（Fungus, Mycota）；灵芝则隶属于真菌门（Eumycota）中的一个属的代表种。现将常见的几种对灵芝属的分类见解简要介绍如下：
1.在邓叔群著《中国的真菌》（1963）一书中，灵芝属划在多孔菌科内，即：
植物界 Plant
孢子植物 Sporophyta
真菌门 Eumycota
担子菌纲 Basidiomycetes
多孔菌目 Polyporales
多孔菌科 Polyporaceae
灵芝属 Ganoderma
2.在赵继鼎等人著《中国灵芝》（1973），则将灵芝、假芝等属组合成灵芝亚科，即：
担子菌纲 Basidiomycetes
多孔菌目 Polyporales
多孔菌科 Polyporaceae
灵芝亚科 Ganodermatoideae
灵芝属 Ganoderma
3.在邵力平等人著《真菌分类学）（1984）一书中，则根据Ainsworth等人（1973）提出的分类系统，将真菌作为菌物界中一个门，灵芝属在真菌门中五个亚门、十八个纲、六十八个目的分类位置是：
真菌门 Eumycota
担子菌亚门 Basidiomycotina
层菌纲 Hymenomycetes
非褶菌目 Aphyllophorales
灵芝菌科 Ganodermatoideae
灵芝属 Ganoderma
根据赵继鼎等人的意见，灵芝属又分为二个组，四个亚组，其分组的检索表：
1菌肉白色、淡白色、材白色或者分二层；上层淡白色，近菌管层淡褐色至褐色………………………………………………灵芝组Sect Ganoderma
（1）菌盖的皮壳由栅状细胞组成…………灵芝亚组Subsect Ganoderma
（2）菌盖的皮壳不是栅状细胞组成…………………………………………
……………………………………粗皮灵芝亚组Subsect Trachyderma
1.菌肉为均匀的褐色、深褐色至栗褐色…………紫芝组Sect Phaeonema
（1）菌盖的皮壳是由栅状细胞组成…………………………………………
……………………………………………紫芝亚组Subsect Phaeonema
（1）菌盖的皮壳不同栅状细胞组成…………树舌亚组Subsect Elfvingia